Введение в информационную биологию и биоинформатику, Том 4, Глава 5, Математическое моделирование и методы биоинформатики в биологии развития, Глава 6, Компьютерная эволюционная биология, Колчанов Н.А., Вишневский О.В., Фурман Д.П., 2012.
Биоинформатика - современное научное направление, возникшее на стыке математики, физики, химии, информатики и классической биологии, занимающееся разработкой алгоритмических подходов для компьютерного анализа биологических макромолекул и моделирования биологических процессов. Задачей информационной биологии является решение биологических задач в области геномики, транскриптомики, протеомики, эволюционной и структурной биологии методами биоинформатики.
Глава 5 содержит основные концепции, которые используются при моделировании в биологии развития. Представлены инструменты биоинформатики: базы данных и знаний в биологии развития. приведены модели, отражающие формирование паттернов в пространственной области, а также сигнальные взаимодействия между клетками. Рассмотрены генная регуляция и эпигенетическое переключение активности генов, а также использование современных знаний о морфогенезе при автоматизации биоинженерных экспериментов и технологий. Описаны перспективы технологии выращивания тканей и органов.
В главе 6 особое внимание уделено описанию базовых алгоритмов, используемых в филогенетическом анализе. Приведены теоретические модели добиологической эволюции, коэволюции, эволюции иммунной системы.
Учебное пособие адаптировано к оригинальным учебным курсам по системной биологии, структурной биологии и компьютерной геномике, читаемым в НГУ для студентов - биологов на кафедре информационной биологии НГУ. Пособие будет интересно студентам математических, физических, биологическим химических и информационных факультетов университетов, а также аспирантам и научным сотрудникам, использующим компьютерные подходы для решения задач современной биологии.
